Bis in die 90er Jahre versuchte der beninische Staat, das Biosphärenreservat mit Waffengewalt "gegen" die Anrainer zu verteidigen - und erntete nichts als Widerstand. Seit 1996 suchte der Staat - mit Unterstützung der deutschen Entwicklungszusammenarbeit (GIZ, KfW) - den Dialog mit der Anrainerbevölkerung. Im Zuge dieses neuen Ansatzes eines partizipativen Schutzgebietsmanagements organisierten sich die Anrainer in Vereinen (Associations Villageoises de Gestion des Réserves de Faune - AVIGREF), um das Schutzgebiet gemeinsam mit der staatlichen Parkverwaltung (Centre National de Gestion des Réserves de Faune - CENAGREF) zu schützen und nachhaltig zu nutzen.
Der nunmehr verfolgte Ansatz des gemeinsamen Schutzgebietsmanagements bedeutet:
Die Einnahmen aus der Bewirtschaftung des Reservats ermöglichen den Verbänden der Anrainerbevölkerung, kleinere gemeinnützige Infrastrukturmassnahmen in ihren Heimatdörfern selbständig zu realisieren. Dazu gehören bspw. der Bau von Schulen und die Instandhaltung von Brunnen. In der Folge dieses Ansatzes nahm die Akzeptanz des Schutzgebietes enorm zu, die Fälle von Wilderei und Verstößen gegen die Reservatsregeln durch Viehhalter, Fischer und Landwirte gingen deutlich zurück.
Eine Erhaltung des Schutzgebiets kann nur gelingen, wenn die Anrainer von seiner Nutzung profitieren. Dieser Ansatz macht das Pendjari-Reservat nicht nur zu einem der bestgeschützten und meistbesuchten Schutzgebiete Westafrikas, sondern auch zu einem international anerkannten Modell für wirksames Schutzgebietsmanagement. So konstatierte etwa das Welterbekomittee der UNESCO in seiner 35. Sitzung im Juni 2011:
"Das Welterbekomittee [...] stellt anerkennend die hohe Qualität des Naturschutzmanagements im Pendjari-Nationalpark fest. Es wertschätzt die durch den Mitgliedsstaat Deutschland und andere Partner unterstützten Anstrengungen des Mitgliedsstaates Benin zur Erreichung dieses wichtigen Erfolgs für den Naturschutz und ermutigt die Partner, ihre Arbeiten fortzusetzen [...]." (übersetzt aus dem Französischen)